Hệ thống điều khiển là thành phần cốt lõi của một trung tâm gia công đứng. Nó nhận lệnh của người vận hành và điều khiển chuyển động của các bộ phận máy khác nhau. Hệ thống điều khiển thường sử dụng hệ thống CNC có độ chính xác-cao, cho phép các đường gia công phức tạp và định vị chính xác. Thông qua khả năng điều khiển chính xác của hệ thống điều khiển, các trung tâm gia công dọc có thể đạt được-gia công có độ chính xác cao, cải thiện đáng kể hiệu quả và chất lượng sản xuất.
